Dne 17. září 1939 Sovětský svaz překročil východní hranice Polska, čímž praktikoval invazi, která byla součástí tajného dodatku k paktu Molotov-Ribbentrop. Tenhle vpád znamenal, že Polsko bylo rozděleno mezi nacistické Německo a Sovětský svaz, což ukončilo existenci Druhé Polské republiky jako samostatného státu.
Pod sovětskou okupací se začaly dít rozsáhlé represálie vůči polským vojákům, policistům, státním úředníkům, inteligenci i místním obyvatelům. Poláci byli zatýkáni, deportováni do pracovních táborů a mnozí zahynuli při nucených pracích, hladu nebo nemocích.
Nejznámější a nejotřesnější z těchto událostí je tzv. Katyňský masakr z jara 1940, kdy NKVD na přímý rozkaz sovětského vedení popravila téměř 21 857 polských důstojníků, policistů a členů inteligence – obyčejných i vyšších. Popravy proběhly na několika místech: v Katyni, v Kalininu (nyní Tver), Charkově i jinde. Cílem nebylo jen odstranění vojenské složky, ale systematické zlikvidování elitních vrstev Polska, které by mohly odporovat sovětskému nadvládnutí.
Důležitým faktem je, že Sověti o celém činu hodně dlouho lhali a popírali svou vinu. Až koncem 80. let, za Michaila Gorbačova, Sovětský svaz přiznal odpovědnost za Katyň. Ačkoliv již tehdy nikdo z hlavních aktérů (ti, co podepsali rozkazy) nezůstával naživu, dokumenty jasně prokázaly, že střílení Poláků mělo politický motiv.
Tato temná kapitola má svůj odkaz i v dalších sovětských represích proti Polákům v letech 1939–1946, kdy desítky tisíc lidí deportováni do Sibiře, do gulagů, nebo zadrženi v pracovních či interních táborech zahynuli. Polská inteligence, duchovenstvo, zemědělci i měšťané – všichni čelili sovětskému teroru.