Andrej Babiš v debatách také argumentuje, že existuje pravomocné rozhodnutí soudu, že byl ve svazcích StB veden neoprávněně. Slovenský soud tehdy vyhověl Babišově stížnosti ve sporu s Ústavem paměti národa. Soudní spor ale pokračoval dál a v současnosti podle dosavadních rozhodnutí slovenských soudů platí, že je Babiš po právu evidován jako agent StB. Ostatně Andrej Babiš se v roce 2011 i ke spolupráci s StB přiznal.
Celý spor soudní spor zanalyzoval Demagog.cz. „Začátek sporu o evidenci spolupracovníků StB vedenou slovenským ÚPN, ve které je Andrej Babiš veden jako agent s krycím jménem „Bureš“, sahá až do ledna 2012. Babiš, předseda tehdy jen několik měsíců staré iniciativy ANO 2011, podal na ÚPN žalobu s tím, že je v dokumentech StB evidován jako její agent neoprávněně.
Údajně se Babiš stal důvěrníkem StB v roce 1980 a o dva roky později zahájil spolupráci na úrovni agenta. Tu měl ukončit v roce 1985, kdy byl jako obchodní delegát vyslán podnikem Petrimex do Maroka.
První rozhodnutí ve sporu Babiš vs. ÚPN padlo právě v červnu 2014, z téže doby pochází také zmíněný snímek z vysílání ČT24. Bratislavský okresní soud tehdy rozhodl, že je Babiš ve svazcích StB evidován neoprávněně (.pdf, str. 1). U soudu vypovídal i bývalý nadporučík StB Július Šuman, který Babiše pro vyšší spolupráci s tajnou politickou policií v roce 1982 dle archivních dokumentů získal. Ve své výpovědi tyto informace popřel. Před soudem vystoupil také Andrej Kuľha, bývalý důstojník StB, a prohlásil, že svazek ukazuje jen nevědomou spolupráci Babiše s tajnou policií.
Ústav paměti národa se proti verdiktu následně odvolal, ale odvolací krajský soud v červnu 2015 původní rozsudek potvrdil (.pdf). Poté, co dalšímu dovolání nevyhověl ani nejvyšší soud, se ÚPN obrátil na soud ústavní. Ten proces zvrátil a v říjnu 2017 rozhodl, že pochybil jak okresní, tak krajský soud. Podle ústavního soudu neměly soudy připustit výpovědi Šumana ani dalších bývalých příslušníků StB, kteří nebyli zbaveni mlčenlivosti, a zpochybnil důvěryhodnost těchto svědků. Celou kauzu vrátil k projednání krajskému soudu.
Bratislavský krajský soud následoval argumentaci ústavního soudu a v únoru 2018 žalovanému Ústavu paměti národa vyhověl. Své rozhodnutí navíc zdůvodnil tím, že žalovanou stranou nikdy neměl být ÚPN, kterému zveřejnění evidencí ukládá zákon o paměti národa.
Jen o několik dní později uvedl bývalý příslušník StB Ján Sarkocy, že svazek zfalšován nebyl a že Babiš s StB naopak od začátku vědomě spolupracoval. Babiš toto prohlášení označil za lež a v březnu 2018 podal ke slovenskému nejvyššímu soudu dovolání proti únorovému pravomocnému rozhodnutí krajského soudu. O měsíc později pak navíc podal žalobu jak na vydavatele slovenského listu Nový čas, ve kterém byl zveřejněn rozhovor se Sarkocym, tak na Sarkocyho samotného, v srpnu 2018 ale žalobu stáhl.
Poté, co byl podruhé pověřen sestavením vlády, Babiš 6. června 2018 oznámil, že chce Slovensko kvůli této kauze žalovat u Evropského soudu pro lidská práva (ESLP), ten ale později jeho stížnost odmítl. 8. června 2018 bylo odmítnuto i jeho dovolání k nejvyššímu soudu. Tento rozsudek byl na nějakou dobu považován za definitivní a kauza za uzavřenou.
V listopadu 2019 ale slovenský ústavní soud zveřejnil rozhodnutí, podle nějž bylo porušeno Babišovo právo na spravedlivý proces (.pdf). Nařídil tak znovu otevřít spor a věc vrátil Krajskému soudu v Bratislavě. Bratislavský krajský soud nicméně Babišovu žalobu v červnu 2022 znovu zamítl a své rozhodnutí odůvodnil ve stejném duchu jako ústavní soud v roce 2017. V odůvodnění devátého verdiktu této kauzy předseda soudního senátu zmínil, že žalovanou stranou neměl být ÚPN, ale slovenské ministerstvo vnitra. Soudní proces byl tak naposledy uzavřen v červnu 2022.
V říjnu 2022 se předseda hnutí ANO místo žaloby na slovenské ministerstvo vnitra rozhodl podat další dovolání proti pravomocnému rozsudku krajského soudu. Proces tak pokračuje dál, protistranou zůstává slovenský ÚPN a kauzou se nyní bude znovu zabývat Nejvyšší soud,“ píše Demagog.cz.
Dovolání je však v českém i slovenském právu krajní obranný prostředek a rozsudek odvolacího soudu je do případného zrušení považován jako pravomocný.